Arduino IDE 1.6.1と製造時期により一部のArduinoボードとの組み合わせで、ボードへのスケッチ書込み時に「Uncertified board」というタイトルのダイアログが表示されることがわかりました。
見慣れないダイアログの出現に不安になるかもしれませんが、書き込みができないわけではないのでそのままOKを押してもらえればよいです。このダイアログを二度と見たくないときは「Don't show me again」にチェックを入れてからOKを押せばよいでしょう。
Arduino IDE 1.6.1を使うと必ずこのダイアログが出ると言うわけではなく、モデルと製造時期により一部のArduinoボードとの組み合わせでダイアログが現れることがあります。ひょっとしたら例の訴訟に関係があるのかもしれませんね。
なんにせよ機能的にはなんら問題はありませんので安心してお使いください。